법인전환 절차·시기

IT개발업 법인전환 세무사, 진행 중인 프로젝트의 검수 도장이 절단선이 됩니다

위너세무회계 · 2026년 8월 21일 · 조회 13

개발사 대표님들의 전환 상담은 보통 세금이 아니라 계약서에서 시작됩니다. "발주사에서 다음 프로젝트부터는 법인이랑만 계약한다는데요." 대기업 SI든 스타트업 외주든, 발주 심사가 깐깐해질수록 개인사업자 개발사는 입찰 문턱에서 밀립니다. 그래서 IT개발업 법인전환은 절세보다 영업의 문제로 먼저 옵니다. 그런데 막상 전환을 결심하면 진짜 문제는 따로 있습니다. 진행 중인 프로젝트를 어디서 끊을 것인가. 개발 용역의 매출은 검수와 마일스톤을 따라 움직이기 때문에, 절단선을 잘못 그으면 개인과 법인 양쪽의 매출이 꼬이고 하자보수 책임까지 얽힙니다. IT개발업 법인전환의 타당성 판단부터 계약 승계, 인력 구조, 전환 후 설계까지 순서대로 정리합니다.

① 타당성 검토, 개발사의 전환 신호는 세 곳에서 옵니다

첫 번째 신호는 발주처입니다. 공공 입찰과 대기업 협력사 등록은 법인을 요구하는 경우가 많고, 개인사업자는 견적 단계에서 배제되기도 합니다. 매출을 늘릴 기회가 사업자 형태 때문에 막히고 있다면 전환은 세금 계산 전에 이미 답이 나와 있는 셈입니다. 두 번째 신호는 성실신고확인 대상입니다. 서비스·인적용역 계열의 수입금액 기준(통상 5억 원, 연도별 확인)은 낮은 편이라, 개발 단가가 오르고 팀이 커지면 금방 도달합니다. 세 번째는 세율 구간과 건강보험료입니다. 개인 종합소득세 6~45% 누진의 높은 구간에 걸리면서 이익을 재투자할 수 있는 구조라면, 법인세율(개정 가능, 시점 확인)과의 차이가 실익이 됩니다.

다만 비교는 언제나 총부담입니다. 법인의 돈은 급여·배당을 거쳐야 내 돈이 되므로, '법인세 vs 소득세'가 아니라 '법인세 + 가져가는 세금 + 건강보험'의 합으로 비교해야 합니다. 소득 대부분을 생활비로 쓰는 1인 개발자라면 전환 실익이 생각보다 작을 수 있고, 반대로 팀을 꾸려 이익을 유보·재투자하는 구조라면 실익이 커집니다.

개발업 특유의 변수도 있습니다. 연구·인력개발비 세액공제와 기업부설연구소(연구전담부서)는 개인사업자도 이용할 수 있지만, 인증 관리·인건비 구분 경리·공제 이월 활용이 법인 체계에서 본격적으로 굴러가는 경우가 많습니다. 요건과 공제율은 유형별로 다르고 개정이 잦은 영역이라 단정할 수 없지만, 개발 인건비 비중이 큰 회사라면 전환 검토 시 이 항목을 반드시 시뮬레이션에 넣어야 합니다.

전환을 미는 신호	내용
발주처 요구	공공 입찰·협력사 등록의 법인 요건, 견적 단계 배제 경험
성실신고 도래	서비스·인적용역 계열 통상 5억(연도별 확인)
세율·건보료	높은 구간 + 이익 유보·재투자 가능 구조
R&D 체계	연구인력개발비 공제·연구소 인증을 체계로 관리할 시점
보류 신호	1인 개발·소득 전액 생활비 / 프로젝트 단발성·변동성

※ 성실신고 기준금액·세율·R&D 공제 요건은 개정될 수 있어 검토 시점 기준 확인이 필요합니다.

개발사 전환의 공식 영업(발주처)이 문을 열고, 세금(총부담·R&D 공제)이 등을 밉니다. 두 힘이 같은 방향이면 전환, 어긋나면 시뮬레이션부터입니다.

② 계약 승계, 검수 도장이 절단선입니다

개발사의 자산은 장부보다 계약서에 있습니다. 진행 중인 개발 계약은 발주사 동의 없이 자동 승계되지 않으므로, 3자 합의(변경 계약)로 법인 승계를 정리하고 신규 계약부터 법인 명의로 체결합니다. 이때 발주사 입장에서 중요한 것이 하자보수와 지체상금 책임의 연속성입니다. 개인 시절 개발분의 하자를 법인이 승계하는지, 유지보수 계약은 어느 주체로 이어지는지를 변경 계약과 양수도 계약 양쪽에 맞춰 써 두어야 분쟁이 없습니다.

매출 절단은 검수·마일스톤 기준이 원칙입니다. 개발 용역의 공급 시기는 통상 검수 완료(역무 제공 완료) 시점을 따라가므로, 절단일 이전에 검수된 마일스톤은 개인 매출, 이후 검수분은 법인 매출로 갈라 세금계산서 발행 주체를 바꿉니다. 착수금·중도금을 개인 계좌로 받아 둔 프로젝트는 기성고(진척률) 정산표를 만들어 개인분과 법인분을 나누고, 선수금 잔액의 법인 승계를 3자 합의에 포함합니다. 이 정산이 어설프면 개인 폐업 부가세 신고와 법인 첫 신고 양쪽에서 매출이 붕 뜨거나 이중으로 잡힙니다.

전환 방식 자체는 단순한 편입니다. 개발사는 대부분 임차 사무실에 장비·소프트웨어 라이선스가 자산의 전부라, 부동산 이월과세가 걸리는 세감면 방식의 실익이 작아 일반 사업양수도로 가는 경우가 많습니다. 자체 개발한 솔루션·라이브러리 같은 무형자산을 영업권이나 IP로 평가해 넘기는 구조는 가능하지만 보수적 접근이 필요하고, 이 주제는 소프트웨어업 편에서 따로 다룹니다. 부가세는 포괄양수도 요건을 갖추면 거래 부가세 없이 이전되고, 경계가 애매하면 사업양수인 대리납부를 안전장치로 씁니다.

단계	내용	개발업 특유 포인트
1. 법인 설립	정관·자본금	사업 목적에 개발·유지보수·솔루션 폭넓게
2. 양수도 계약	장비·라이선스 목록	하자보수 승계 조항 필수
3. 계약 3자 합의	발주사 동의·변경 계약	지체상금·유지보수 주체 명시
4. 매출 절단	검수·마일스톤 기준	기성고 정산표 + 선수금 승계
5. 폐업·등록	개인 폐업 부가세 신고	세금계산서 발행 주체 절단일부터 변경

※ 공급 시기 판정은 계약 형태(검수·기간·완성 기준)에 따라 달라질 수 있어 개별 확인이 필요합니다.

검수 직전 프로젝트가 가장 위험합니다 절단일 직전에 검수가 몰린 프로젝트는 개인 매출인지 법인 매출인지 시비가 가장 잦은 지점입니다. 절단일은 검수 일정이 비는 달로 잡고, 걸치는 프로젝트는 기성고 정산표로 미리 갈라 두세요.

③ 인력 구조, 3.3% 개발자 문제를 전환과 함께 정리합니다

개발사의 원가는 곧 사람입니다. 그리고 많은 개발사가 프리랜서 3.3% 원천징수 형태로 개발자를 쓰고 있습니다. 문제는 근로자성입니다. 출퇴근과 업무 지시가 있고, 회사 장비로 일하며, 고정 월급 성격의 대금을 받고, 전속으로 계속 일하는 개발자라면 계약서 명칭이 프리랜서여도 근로자로 판정될 수 있습니다. 4대보험 소급(통상 3년)과 퇴직금 문제가 한꺼번에 터지는 단골 지점이고, 법인 전환으로 회사의 외형이 커지면 이 리스크는 더 잘 보이게 됩니다.

그래서 전환은 인력 구조를 정리할 기회입니다. 실질이 고용인 인원은 정식 채용(4대보험)으로, 실질이 독립 사업자인 외주(산출물 기준 계약·자기 장비·복수 거래처)는 외주 계약서를 실질에 맞게 정비합니다. 채용 전환은 비용이 늘어나는 것처럼 보이지만, 연구전담 인력의 인건비는 연구·인력개발비 세액공제의 대상이 될 수 있어(요건·공제율은 유형별 상이, 시점 확인) 실제 부담 증가는 계산해 봐야 압니다. 신고하지 않은 인건비는 경비 인정이 어렵다는 원칙도 법인에서 더 엄격하게 작동합니다.

직원 승계 자체는 고용 승계 합의와 4대보험 취득·상실 신고로 진행하되, 퇴직금 승계(계속근로 인정 여부)와 연차 정산은 노무 전문가 상담을 병행해야 하는 영역입니다. 스톡옵션이나 성과 보상을 설계하려면 법인 정관과 주주 구성 단계에서 미리 반영하는 것이 순서입니다.

구분	실질 판단 포인트	전환 시 정리 방향
정규 팀원(실질 고용)	출퇴근·지시·회사 장비·고정급·전속	정식 채용 + 4대보험, 퇴직금 규정
진짜 외주(독립 사업)	산출물 계약·자기 장비·복수 거래처	외주 계약서 실질 정비, 세금계산서/3.3%
연구전담 인력	연구소·전담부서 소속 요건	R&D 공제 대상 인건비 구분 경리(요건 시점 확인)
경계 인원	요소 혼재	노무 전문가 병행 검토 후 재계약

※ 근로자성은 계약서 명칭이 아니라 실질 6요소로 판단되며, 4대보험 소급은 통상 3년입니다.

R&D 공제는 '기록'이 절반입니다 연구소·전담부서 인증, 연구원별 인건비 구분, 연구 활동 기록. 이 세 가지가 갖춰져야 공제가 지켜집니다. 법인 첫 분기에 체계를 만들면 이후는 루틴이 됩니다.

전환 후 설계, 개발사 법인의 첫 분기 루틴

전환 후 첫 과제는 매출 인식 체계입니다. 프로젝트별로 계약·마일스톤·검수·세금계산서를 한 줄로 잇는 관리표를 만들면, 진행 중 프로젝트의 수익성과 미청구 매출이 보입니다. 유지보수 계약의 월 매출과 개발 용역의 검수 매출을 구분해 두면 부가세·법인세 신고가 단순해지고, 발주사와의 대금 분쟁에서도 근거가 됩니다.

둘째는 비용과 자산의 구분입니다. 개발 장비와 라이선스는 자산·비용 기준(거래 단위 100만 원 이하 즉시 비용)에 따라 정리하고, 클라우드 비용·외주비·교육비는 적격증빙으로 챙깁니다. 해외 플랫폼 결제(클라우드·SaaS)는 증빙 형태가 제각각이라 첫 분기에 처리 기준을 정해 두는 것이 좋습니다.

셋째는 언제나 가지급금입니다. 대표 급여를 정해 급여로만 가져가고, 법인카드로 일원화합니다. IT개발업 법인전환의 마무리는 화려한 절세가 아니라, 검수 관리표·R&D 기록·급여 체계라는 세 개의 루틴을 첫 90일 안에 돌아가게 만드는 일입니다.

전환 첫 90일 체크 프로젝트 관리표(계약·검수·세금계산서) 가동 → 연구소·전담부서 요건 검토 → 인력 계약 실질 정비 → 대표 급여 확정 → 법인카드 일원화. 이 다섯이 첫 분기의 숙제입니다.

계약서 검토부터 법인 기장까지, 한 팀이 처리합니다

IT개발업 법인전환은 계약서와 숫자를 같이 봐야 하는 프로젝트입니다. 저희는 먼저 최근 2~3년 손익으로 개인 유지 vs 전환의 총부담(소득세+법인세+가져가는 세금+건강보험)을 비교하고, 연구·인력개발비 공제 가능성까지 시뮬레이션에 넣어 전환 실익을 숫자로 확인해 드립니다. 실익이 없으면 없다고 말씀드립니다.

전환이 결정되면 법인 설립 등기와 정관은 법무사 정동혁이 맡고, 진행 프로젝트의 기성고 정산표와 매출 절단, 하자보수 승계 조항, 발주사 3자 합의 문구는 세무사가 직접 설계합니다. 개발자 근로자성 정리와 4대보험 승계는 노무 전문가 상담을 병행합니다.

전환 후에는 법인 기장·원천세·부가세·법인세와 대표 급여·가지급금 관리까지 대표세무사가 직접 연속 관리합니다. 프로젝트별 손익과 미청구 매출이 보이는 월간 리포트, R&D 인건비 구분 경리 체계까지 첫 분기에 세팅해, 개인 사업 마지막 신고(폐업 부가세·다음 해 5월 종합소득세)까지 공백 없이 잇습니다.

원스톱 처리	담당	내용
세부담 시뮬레이션	세무사	총부담 비교 + R&D 공제 가능성 반영
설립 등기·정관	법무사	정관 목적·스톡옵션·퇴직급여 규정
계약 승계·절단	세무사	기성고 정산표·하자보수 승계·3자 합의
인력 구조 정비	노무 병행	근로자성 판정·4대보험 승계·연차 정산
전환 후 관리	대표세무사 직접	법인 기장·프로젝트 손익 리포트·가지급금 관리

※ 전환 검토부터 법인 운영까지 대표세무사가 직접 수행합니다.

자주 묻는 질문

Q. 개발사는 언제 법인전환을 검토하는 것이 좋은가요?

발주처가 법인을 요구해 수주 기회가 막히기 시작할 때, 서비스·인적용역 계열 성실신고확인 기준(통상 5억, 연도별 확인)에 다가설 때, 그리고 이익을 유보·재투자할 수 있는 구조가 됐을 때가 대표 신호입니다. 다만 결정은 '법인세+가져가는 세금+건강보험'의 총부담 비교와 R&D 공제 가능성까지 넣은 시뮬레이션으로 하는 것이 순서입니다.

Q. 진행 중인 개발 프로젝트는 어떻게 법인으로 넘기나요?

발주사와의 3자 합의(변경 계약)로 계약 주체를 법인으로 바꾸고, 매출은 검수·마일스톤 기준으로 절단합니다. 절단일 이전 검수분은 개인 매출, 이후는 법인 매출이 되며, 착수금·중도금을 받아 둔 프로젝트는 기성고 정산표로 개인분·법인분을 가르고 선수금 잔액 승계를 합의에 포함합니다. 하자보수·지체상금 책임의 승계 조항도 함께 정리해야 합니다.

Q. 3.3%로 일하는 개발자들은 법인이 되면 다 직원으로 바꿔야 하나요?

전부는 아닙니다. 기준은 실질입니다. 출퇴근·업무 지시·회사 장비·고정급·전속성이 있는 인원은 명칭과 무관하게 근로자로 판정될 수 있어 채용 전환이 안전하고, 산출물 기준으로 독립적으로 일하는 외주는 계약서를 실질에 맞게 정비해 유지할 수 있습니다. 4대보험 소급(통상 3년) 위험이 있는 영역이라 노무 전문가 상담을 병행하는 것이 좋습니다.

Q. 연구소나 연구인력개발비 세액공제는 법인이 되면 자동으로 받나요?

자동이 아닙니다. 기업부설연구소·연구전담부서 인증, 연구전담 인력 요건, 인건비 구분 경리, 연구 활동 기록이 갖춰져야 하고, 공제율과 요건은 기업 유형·연도에 따라 달라 신고 시점 확인이 필요합니다. 다만 개발 인건비 비중이 큰 회사라면 법인 첫 분기에 체계를 세팅해 두는 것의 실익이 큰 영역입니다.

Q. 법인으로 바꾸면 지금처럼 통장에서 돈을 꺼내 쓰면 안 되나요?

안 됩니다. 법인 자금을 근거 없이 인출하면 가지급금으로 쌓여 인정이자·상여 처분 문제가 생깁니다. 대표 급여를 정해 급여로 가져가고, 이익이 쌓이면 배당·퇴직금 설계로 가져가는 것이 법인의 문법입니다. 전환 첫 달의 급여 설계와 법인카드 일원화가 그래서 중요합니다.

IT개발업 법인전환 자가진단 7문항

발주처의 법인 요구·입찰 요건 때문에 기회를 놓친 적이 있다
성실신고 기준(서비스 계열, 연도별 확인)까지 남은 외형을 알고 있다
개인 유지 vs 전환의 총부담(R&D 공제 포함)을 비교해 봤다
진행 프로젝트의 검수 일정과 절단선을 그려 봤다
하자보수·지체상금 승계를 변경 계약에 넣을 준비가 됐다
개발자 계약을 실질(고용 vs 외주)에 맞게 정리할 계획이 있다
전환 후 대표 급여·법인카드 일원화(가지급금 방지) 원칙을 세웠다

1~3번이 비어 있다면 아직 결정 단계가 아닙니다. 시뮬레이션부터. 4~7번이 비어 있다면 전환보다 '옮기는 설계'가 준비되지 않은 상태입니다.

정리하면

IT개발업 법인전환은 세 개의 질문으로 정리됩니다. ① 전환의 실익이 있는가(발주처 요구와 총부담·R&D 공제 시뮬레이션), ② 진행 프로젝트를 어디서 끊는가(검수 기준 절단·기성고 정산·하자 승계·3자 합의), ③ 사람을 어떻게 정리하는가(근로자성 실질 정비·R&D 인건비 체계). 셋을 계약서와 관리표에 담으면 전환은 수주의 문을 여는 계기가 됩니다.

상담 문의 : 010-9265-1008 · 카카오톡 dbg059 · 경기도 수원시 영통구 하동

본 칼럼은 일반적인 세무 정보를 제공하기 위한 세무 광고이며, 개별 사안에 대한 세무 자문이 아닙니다. 법인전환의 유불리는 계약·인력·소득 구조 등 개별 사실관계에 따라 달라지며, 전환이 항상 유리한 것은 아니고 결과를 보장하지 않습니다. 용역 매출의 공급 시기와 근로자성 판단은 계약 형태와 실질에 따라 결론이 갈리는 영역이고, 연구·인력개발비 세액공제와 기업부설연구소 요건·공제율, 성실신고확인 기준금액은 개정이 잦아 검토 시점 기준 확인이 필요합니다. 근로관계 승계·4대보험·퇴직금은 노무 전문가 상담 병행이 필요합니다. 소개한 사례는 각색한 예시이며, 소개한 실적은 자체 실적 기준입니다.