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법인전환 절차·시기

약국 법인전환 세무사, 약사법 20조는 약사만 약국을 개설하게 하고 2002년 헌법불합치 결정 뒤에도 조문이 그대로라 법인 명의 개설등록은 열려 있지 않으며 대안으로 묻는 건물 임대법인은 법인세율이 10%가 아니라 20%부터 적용될 수 있습니다

위너세무회계 · 2026년 10월 7일 · 조회 2
약국 법인전환 세무사 대표 이미지, 약사법 20조와 2002년 헌법불합치 결정에서 출발하는 검토 개인 소득세와 법인세 세부담 단순 가정 비교표와 임대 주업 소규모 법인 20% 세율 안내 일반 사업양수도, 세감면 포괄양수도, 현물출자, 중소기업 통합 네 가지 전환 유형 비교표 법인 설립부터 폐업 신고까지 다섯 단계 타임라인과 약국이 인허가 승계에서 막히는 지점 약국 건물을 임대법인으로 옮기는 문제를 묻는 약사와 세무사의 단톡방 각색 예시 약국 법인전환 세무사 자주 묻는 질문 다섯 가지와 자가진단 일곱 문항 사전 세부담 시뮬레이션과 세무사 법무사 노무사 원스톱 팀 상담 안내

약국도 법인전환이 되나요, 약사법은 무엇이라고 하나요?

매출이 커진 약국에서 가장 자주 나오는 질문이 법인전환입니다. 주변 병의원이나 도매상이 법인 이야기를 하고, 소득세 최고 구간에 들어선 약사라면 법인세율과의 차이가 눈에 들어올 수밖에 없습니다. 그런데 약국 법인전환 세무사 상담은 다른 업종과 출발점이 다릅니다. 세율표를 펴기 전에 약사법부터 읽어야 하기 때문입니다.

약사법 제20조 제1항은 약사 또는 한약사가 아니면 약국을 개설할 수 없다고 정하고, 제2항은 약국을 개설하려는 자가 시장·군수·구청장에게 개설등록을 하도록 합니다. 제21조 제1항은 약사 또는 한약사가 하나의 약국만 개설할 수 있다고 하고, 제2항은 약국개설자가 자신이 그 약국을 관리하도록 합니다. 개설 주체가 면허를 가진 사람으로 한정되어 있으니 주식회사나 유한회사는 조문상 개설등록의 주체가 될 수 없습니다. 제44조 제1항도 약국 개설자가 아니면 의약품을 판매하거나 판매 목적으로 취득할 수 없다고 정합니다.

이 조문에 대해 헌법재판소는 2002년 9월 19일 2000헌바84 결정에서 헌법불합치를 선고했습니다. 결정요지는 약사가 아닌 일반인이나 일반 법인의 개설을 막는 것은 입법 재량 안에 있지만, 약사들만으로 구성된 법인의 개설까지 금지하는 것은 직업의 자유와 결사의 자유, 평등권을 침해한다는 것입니다. 다만 단순위헌으로 조문 효력을 없애면 누구나 약국을 열 수 있게 되는 혼란이 생긴다는 이유로, 주문은 이 조항이 입법자가 개정할 때까지 계속 적용된다고 했습니다. 국가법령정보센터에 실린 현행 약사법 제20조 제1항에는 지금도 이 헌법불합치 주기가 붙어 있고 문언은 그대로입니다. 법인약국을 허용하자는 논의는 여러 차례 있었지만 그것은 입법 논의 단계이고, 현행은 약사 개인 개설입니다.

당시 사건의 청구인은 약사들이 이사로 있는 주식회사였는데, 개설등록은 이사 개인 명의로 하고 사업자등록만 법인 명의로 했다가 행정청의 제재 경고를 받은 사안이었습니다. 등록 명의와 사업자 명의를 나누는 방식이 이미 그때 문제가 되었다는 점은 지금도 참고할 만합니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 개설등록의 구체적 요건과 변경 절차는 보건소·인허가 전문가 확인을 병행해야 합니다.

① 법인전환 타당성 검토: 소득세와 법인세는 얼마나 다른가요?

약국은 선택지가 아닌데도 문의가 많은 이유는 숫자에 있습니다. 개인 사업소득은 6%에서 45%까지 누진세율이 적용되고, 법인세는 2026 사업연도 기준 과세표준 2억 원 이하 10%, 2억 원 초과 200억 원 이하 20%, 그 위로 22%와 25%입니다. 아래 표는 지방소득세를 뺀 단순 가정 예시입니다.

과세표준(단순 가정)개인 소득세일반 법인세임대 주업 소규모 법인
1억 원1,956만 원1,000만 원2,000만 원
3억 원9,406만 원4,000만 원6,000만 원

검산하면 개인 1억 원은 1,536만 원에 8,800만 원 초과분 1,200만 원의 35%인 420만 원을 더해 1,956만 원, 3억 원은 3,706만 원에 1억 5천만 원 초과분의 38%인 5,700만 원을 더해 9,406만 원입니다. 일반 법인 3억 원은 2억 원까지 2,000만 원에 초과 1억 원의 20%인 2,000만 원을 더해 4,000만 원입니다. 마지막 열은 뒤에서 설명할 부동산임대업 주업 법인으로, 법인세법이 200억 원 이하 구간에 처음부터 20%를 적용하는 경우입니다.

표만 보면 법인이 유리해 보이지만 전환이 항상 유리한 것은 아니다라는 점을 먼저 짚어야 합니다. 법인에 남은 이익은 대표의 돈이 아니라 법인의 돈이고, 급여로 받으면 근로소득세가, 배당으로 받으면 배당소득세가 다시 붙습니다. 생활비와 대출 상환으로 이익 대부분을 꺼내 써야 하는 구조라면 두 번 과세된 합계가 개인일 때보다 커질 수 있습니다. 성실신고확인 대상 개인이 법인으로 전환하면 법인세법 제60조의2에 따라 전환 후 3년 이내 사업연도는 법인도 성실신고확인서를 내야 하므로 관리 부담이 바로 사라지지도 않습니다. 건강보험료는 개인사업자와 법인 대표의 산정 기준이 달라 급여 설계에 따라 늘 수도 줄 수도 있고, 법인 자금을 대표가 임의로 쓰면 가지급금 문제가 생깁니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 약국 법인전환 세무사 상담에서도 인출 계획, 가족 구성, 다른 소득을 넣은 시뮬레이션 없이는 유불리를 말할 수 없습니다.

② 법인전환 종류에는 어떤 것이 있고 약국에는 무엇이 해당하나요?

일반 업종이라면 전환 방식은 크게 네 가지입니다. 어떤 방식이든 개인이 쓰던 부동산이 법인으로 넘어가면 원칙적으로 양도소득세와 취득세가 생기는데, 조세특례제한법이 일정 요건 아래 양도소득세를 법인이 그 자산을 팔 때까지 미루는 이월과세를 두고 있습니다.

유형근거와 핵심 요건세금 효과실무 특징
일반 사업양수도특례 조문 없음. 법인 설립 뒤 자산·부채를 매매양도소득세 즉시 과세, 취득세 일반 과세절차가 단순, 부동산이 없으면 주로 선택
세감면 포괄양수도조특법 제32조. 개인이 발기인이 되어 순자산가액 이상을 출자해 법인을 세우고 설립일부터 3개월 이내에 사업의 모든 권리·의무를 포괄 양도사업용고정자산 양도소득세 이월과세 검토자본금을 현금으로 준비해야 함
현물출자조특법 제32조. 사업용고정자산을 출자, 신설 법인 자본금이 순자산가액 이상이월과세 검토감정평가 등 절차로 기간·비용 부담
중소기업 통합조특법 제31조. 소비성서비스업이 아닌 중소기업 간 통합, 주된 자산 승계와 사업 동일성 유지이월과세 검토이미 운영 중인 법인이 있을 때 검토

이월과세에는 사후관리가 붙습니다. 조특법 제32조 제5항은 설립등기일부터 5년 이내에 승계받은 사업을 폐지하거나 전환으로 받은 주식의 50% 이상을 처분하면 미뤄 둔 세액을 납부하게 합니다. 취득세는 지방세특례제한법 제57조의2 제4항이 2027년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산에 50% 경감을 두되 부동산 임대 및 공급업은 제외합니다. 일몰과 요건은 바뀔 수 있어 시점 기준 확인이 필요합니다.

문제는 약국입니다. 네 가지 모두 개인이 하던 사업을 법인이 이어받는 것을 전제로 하는데, 약국의 조제·판매 사업은 법인이 이어받을 수 없습니다. 그래서 약국에는 어느 유형도 그대로 맞지 않고, 약국과 분리할 수 있는 자산이나 사업이 있는지를 따로 보게 됩니다. 여기부터는 개별 판단입니다.

③ 법인전환 절차는 어떻게 진행되고 약국은 어디에서 막히나요?

일반 업종의 타임라인은 다섯 단계입니다. 먼저 법인을 설립해 등기와 사업자등록을 마치고, 자산과 부채를 평가해 양수도 또는 출자 계약을 맺습니다. 다음으로 부동산 등기와 차량, 임대차, 금융 계약의 명의를 법인으로 옮기고, 업종별 인허가와 거래처 계약을 승계한 뒤, 마지막으로 개인 사업장을 폐업 신고하고 부가가치세 확정신고를 합니다. 직원의 소속이 바뀌는 과정에는 근로계약과 4대보험 문제가 따르므로 노무 전문가 상담 병행이 필요합니다.

약국은 네 번째 단계에서 멈춥니다. 음식점이나 제조업은 영업신고나 공장등록을 법인 명의로 승계하거나 새로 받을 수 있지만, 약국 개설등록은 약사법 제20조 제1항 때문에 법인이 받을 수 없습니다. 제93조 제1항은 제20조 제1항을 위반해 약국을 개설한 자를 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처하도록 하고, 면허를 대여한 사람과 대여받은 사람도 같은 조에서 처벌합니다. 그래서 앞의 세 단계를 다 밟아도 약국 사업 자체는 법인으로 옮겨지지 않습니다.

그렇다면 약사가 실제로 검토하는 대안은 무엇이고 한계는 어디인가요?

대안가능한 범위세무·법률상 한계
(가) 약국 건물 임대법인약사 소유 상가를 법인이 보유하고 약국에 임대취득세 경감 제외 업종, 임대 주업 법인 20% 세율과 성실신고확인, 임대료 시가 문제
(나) 건강기능식품·의료기기 별도 법인약국 개설등록과 무관한 온라인 판매 등 독립 사업별도 신고·사업장·인력 필요, 약국 안 매출을 돌리면 실질과세로 부인
(다) 명의만 나누는 구조해당 없음약사법 위반, 요양급여비용 환수와 형사처벌 대상
(라) 법인 없이 하는 관리성실신고확인, 공동개국, 노란우산공제·연금계좌공제 한도와 요건은 소득 구간별로 달라 시점 확인

(가) 건물 임대법인부터 보겠습니다. 조특법 시행령 제29조 제3항이 이월과세에서 제외하는 소비성서비스업은 호텔·여관업, 일부 주점업, 그 밖의 오락·유흥 사업이고 부동산임대업은 열거되어 있지 않습니다. 그렇다고 당연히 적용된다는 뜻은 아닙니다. 제32조는 사업을 법인으로 전환하는 경우를 전제로 하므로, 약국은 개인으로 두고 본인이 쓰던 건물만 법인에 넘기는 구조가 요건에 맞는지는 사실관계에 따라 달라집니다. 취득세 쪽은 앞에서 본 대로 부동산 임대 및 공급업이 경감에서 빠집니다. 세율도 기대와 다를 수 있습니다. 법인세법 시행령은 지배주주 지분이 50%를 넘고, 부동산임대업이 주된 사업이거나 임대·이자·배당 수입이 매출의 50% 이상이며, 상시근로자가 5명 미만인 법인을 따로 정하고, 법인세법 제55조는 이런 법인에 200억 원 이하 구간부터 20%를 적용합니다. 같은 법인은 성실신고확인서 제출 대상이기도 합니다.

임대료도 마음대로 정할 수 없습니다. 약사와 그 가족 법인은 특수관계인이므로, 시가보다 높은 임대료를 주면 소득세법 제41조의 부당행위계산으로 약국 경비가 부인될 수 있고, 반대로 법인이 시가보다 낮게 받으면 법인세법 제52조가 적용될 수 있습니다. 임대료를 약국 매출에 연동하는 식의 약정은 약국 운영 이익이 법인으로 넘어가는 것으로 비칠 수 있어 약사법 측면의 검토도 필요합니다.

(나) 별도 법인은 약국 개설등록과 무관한 사업일 때만 의미가 있습니다. 건강기능식품에 관한 법률은 약국에서 판매하는 경우 판매업 신고를 면제하고, 의료기기법도 약국 개설자의 판매업 신고를 면제합니다. 뒤집어 보면 법인이 팔려면 법인 스스로 영업소를 두고 신고를 해야 한다는 뜻입니다. 재고와 인력, 결제 계좌, 배송이 약국과 구분되어야 하고 의약품은 취급할 수 없습니다. 약국 카운터에서 판 매출을 법인 단말기로 결제하는 방식은 국세기본법 제14조의 실질과세 원칙, 곧 명의가 아니라 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 본다는 규정에 따라 약사 개인의 소득으로 다시 계산될 수 있습니다. 이 글은 그런 명의 분산을 권하는 것이 아니라 피해야 할 구조를 알리려는 것입니다.

(다) 약사가 아닌 투자자가 자금을 대고 약사 명의로 개설하는 이른바 면허대여 약국은 대안이 아닙니다. 약사법 제6조는 면허 대여와 대여받는 행위, 알선을 모두 금지하고 제93조가 처벌합니다. 국민건강보험법 제57조는 부당하게 받은 요양급여비용을 징수하면서, 약국을 개설할 수 없는 자가 면허를 대여받아 개설·운영한 약국은 그 개설자에게도 연대하여 납부하게 할 수 있도록 합니다.

(라) 법인 없이 할 수 있는 관리가 오히려 현실적입니다. 소득세법 시행령 제133조의 성실신고확인 기준에서 약국은 도매 및 소매업에 속해 15억 원 기준이 적용되고, 부동산 임대업은 5억 원입니다. 약사끼리 공동개국을 하면 소득세법 제43조에 따라 손익분배비율대로 소득이 나뉘지만, 특수관계인 사이에 비율을 거짓으로 정하면 주된 공동사업자에게 합산됩니다. 노란우산공제와 연금계좌는 층이 다른 공제라 함께 쓸 수 있습니다. 여기부터는 개별 판단입니다. 어느 조합이 맞는지는 매출 규모와 건물 보유 여부에 따라 달라집니다.

단톡방에서는 어떤 이야기가 오가나요? (각색 예시)

각색 예시입니다. 한 약사님이 약국을 법인으로 바꾸면 세금이 준다는 말을 들었다고 물었습니다. 대표세무사는 약국 자체는 개설등록 주체 때문에 어렵다고 답했고, 약사님은 본인 명의 상가만 법인으로 넘기고 임대료를 내는 방법을 다시 물었습니다. 답은 세 가지 확인이었습니다. 임대 법인은 취득세 경감에서 빠진다는 점, 가족 임대법인은 법인세가 20% 구간에서 시작할 수 있다는 점, 임대료는 시가여야 한다는 점입니다. 임대료를 넉넉히 주면 소득이 줄지 않느냐는 물음에는 시가를 넘는 부분은 경비로 인정받기 어렵다고 설명하고, 양도소득세와 취득세까지 넣은 계산을 먼저 해 보기로 했습니다. 결과는 사안마다 다릅니다.

자주 묻는 질문

Q1. 약사끼리만 출자한 법인도 약국을 열 수 없나요?
헌법재판소는 바로 그 부분이 헌법에 합치하지 않는다고 판단했습니다. 그러나 주문에서 개정 전까지 조문을 계속 적용하도록 했고 이후 조문이 바뀌지 않았습니다. 현행 조문상 개설 주체는 약사 또는 한약사 개인입니다.
Q2. 개설등록은 제 이름으로 두고 사업자등록만 법인으로 하면 안 되나요?
헌법불합치 결정의 계기가 된 사건이 그런 구조였고 당시 행정청의 제재 경고 대상이 되었습니다. 세법상으로도 소득이 누구에게 귀속되는지가 실질에 따라 판단됩니다. 권할 수 없는 방식입니다.
Q3. 약국 건물을 임대법인으로 넘기면 양도소득세 이월과세를 받을 수 있나요?
부동산임대업이 소비성서비스업 목록에 없다는 점만으로 적용이 확정되지는 않습니다. 사업의 전환에 해당하는지, 자본금과 기한, 5년 사후관리 요건을 충족하는지 따져야 하고 취득세 경감은 임대업이 제외됩니다. 시점 기준 확인이 필요합니다.
Q4. 약국은 수입금액이 얼마부터 성실신고확인 대상인가요?
소득세법 시행령상 도매 및 소매업은 해당 과세기간 수입금액 15억 원 이상입니다. 임대업 등을 겸영하면 업종별 환산 규정이 적용되므로 겸업 약국은 따로 계산해 보아야 합니다.
Q5. 법인약국이 허용되면 그때 전환하면 되나요?
허용 여부와 형태는 입법으로 정해질 사항이라 지금 예측해 구조를 짜는 것은 위험합니다. 현행 규정 안에서 장부와 증빙, 건물 보유 구조를 정리해 두는 것이 어떤 방향의 개정에도 대응하기 쉽습니다.

자가진단: 우리 약국은 무엇부터 확인해야 하나요?

  • 약국을 법인으로 바꿀 수 있다는 권유나 컨설팅 제안을 받은 적이 있다
  • 약국이 들어선 상가를 본인 또는 배우자 명의로 보유하고 있다
  • 가족 법인을 세워 임대료를 지급하는 구조를 생각하고 있다
  • 건강기능식품이나 의료기기 온라인 판매를 약국과 별도로 키우고 있다
  • 연 수입금액이 15억 원에 가까워지거나 이미 넘었다
  • 약사가 아닌 사람에게서 투자나 동업 제안을 받았다
  • 공동개국 전환이나 가족의 근무 형태 변경을 검토하고 있다

④ 법무사·세무사·노무사 원스톱 서비스는 약국에 왜 필요한가요?

약국의 구조 검토는 세금 계산만으로 끝나지 않습니다. 임대법인을 세우려면 설립 등기와 부동산 소유권 이전 등기가 필요하고, 약국과 법인 사이의 임대차 계약서를 시가 근거와 함께 남겨야 합니다. 별도 법인으로 온라인 판매를 하려면 직원의 소속과 근로계약, 4대보험이 달라집니다. 저희 사무소는 약국 법인전환 세무사 상담을 받으면 먼저 사전 세부담 시뮬레이션으로 개인 유지안과 임대법인안, 별도 법인안을 인출 단계의 세금까지 넣어 나란히 놓습니다. 그 결과 진행하기로 한 부분은 세무사·법무사·노무사 원스톱 팀이 등기, 계약, 근로관계를 한 일정표로 조율합니다. 약국 개설등록에 영향을 줄 수 있는 사항은 보건소·인허가 전문가 확인을 병행하도록 안내합니다.

⑤ 법인사업 전 과정을 대표세무사가 직접 수행한다는 것은 어떤 의미인가요?

이 글에서 본 것처럼 약국은 되는 구조와 안 되는 구조의 경계가 조문 한 줄에 달려 있습니다. 그래서 초기 판단을 누가 하느냐가 중요합니다. 개업 4년차인 대표세무사가 약사법 조문 확인, 유형 선택, 양도소득세와 취득세 계산, 임대료 시가 검토를 직접 수행하고, 법인을 세운 뒤에도 법인 기장을 이어서 맡아 가지급금, 특수관계 거래 명세, 성실신고확인을 연속 관리합니다. 전환을 권하는 것이 목적이 아니므로 검토 결과 개인으로 남는 편이 낫다면 그렇게 말씀드립니다. 약국 법인전환 세무사를 찾는 단계라면 계약서에 서명하기 전에 구조부터 점검받으시기 바랍니다.

본 글은 일반적인 세무 정보이며 개별 상황에 대한 세무 자문을 대체하지 않습니다. 본문 대화와 사례는 각색 예시이고 계산은 단순 가정 예시이며 결과를 보장하지 않습니다. 세율, 감면율, 일몰 기한, 공제 한도는 개정될 수 있어 신고 시점 기준 확인이 필요합니다. 약국 개설등록과 약사법 해석은 보건소·인허가 전문가, 근로관계와 4대보험은 노무 전문가 상담을 병행하시기 바랍니다.

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